Profilexpert propose des prestations d’analyse de génomique  (Génome et transcriptome) par QRTPCR, PCR, NGS à partir de cellules uniques isolées (single cell genomics) par  les technologies de C1 single cell autoprep system (Fluidigm)

Applications :

Analyse du transcriptome et du génome sur cellules uniques (scRNA-seq, ATACseq), analyse de l’hétérogénéité cellulaire dans les tumeurs, cellules souches, phylogénie cellulaire

Natures des échantillons traités :

Cellules fraîches isolées à partir de culture de cellules, cellules issues de tissu dissocié, cellules préselectionnées à partir du FACS

Services :

• Aide au plan expérimental (choix du nombre de cellules à analyser, profondeur de séquençage, full length RNA ou 3’end etc…)
• Compartimentalisation des cellules, lyse des cellules  et amplification des acides nucléiques 
• Analyse par PCR (Biomark) et Séquençage NGS (HiSeq et Nextseq Illumina)

Livrables:

Un rapport comprenant :  Les différents contrôles qualité et paramètres de séquençage, les données primaires avant et après démultiplexage, les fichiers de données brutes en format FastQ, le comptage de tags et les données normalisées sous format xls.

 

Activités d’analyses associées :

Alignement des séquences sur génome de référence, Comptage de tag, Identification des miRNA différentiellement exprimés, analyses statistiques et corrélations  (ACP, arbres hiérarchiques), classement des données multicritères, recherche des ARNm cibles, comparaison à des données extraites de la littérature (bases de données), polymorphismes…

 

 

 

 

 

Supports technologiques : 

C1 single cell autoprep system (Fluidigm) : https://www.fluidigm.com/products/c1-system