ProfileXpert

Analyse de données

ProfileXpert est équipé d’un parc informatique, d’un serveur HP et de différents logiciels d’analyse bioinformatique dédiés à l’analyse de données.


Serveur informatique / Hewlett-Packard

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Utilisation : calcul intensif et stockage de données
Date d’installation : mai 2011
Caractéristiques matérielles : Un cluster de calcul de 8 machines HP SL170 disposant de 48 Gb de mémoire RAM chacune, Un serveur de stockage HP de 40 To, Une solution de sauvegarde sur bande magnétique LTO5
Pour plus d’informations, visitez : http://www8.hp.com/fr/fr/home.html


Partek® Genomics Suite™ 6.6 / Partek®

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Utilisation : Logiciel qui permet l’analyse et la comparaison d’une grande variété de données de génomique
Date d’installation : Novembre 2008
Principe :Partek® SuiteTM est une suite complète d’analyses statistiques avancées et de visualisation interactive des données. Ce logiciel est spécifiquement conçu pour extraire des signaux biologiques de manière fiable à partir des données de génomique. Le logiciel accepte les données provenant de toutes les puces à ADN et des technologies de séquençage nouvelle génération.
Applications : Expression des Genes, Epissage Aletrnatif, Régulation (ChIP-Chip, ChIP-Seq, & microRNA), Analyse des données issues de RNA-seq, Nombre de copie, Etudes d’associations
Pour plus d’informations, visitez : http://www.partek.com


Ingenuity® Pathway Analysis (IPA) / Ingenuity® System

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Utilisation : Logiciel qui permet la modélisation, l’analyse et la compréhension de systèmes biologiques et chimiques complexes
Date d’installation : Juillet 2006
Principe : IPA comprend une base de données organisée par des scientifiques. Le logiciel s’appuie sur la Base de connaissances Ingenuity® qui est un référentiel des interactions biologiques et des annotations fonctionnelles créée à partir des millions de relations modélisées individuellement entre protéines, ARN, gènes, métabolites, complexes, cellules, tissus, médicaments et maladies. La base de connaissances d’Ingenuity fournit une ressource fiable pour la recherche des connaissances pertinentes et étayées par la littérature, et pour l’interprétation des résultats expérimentaux dans le cadre des grands systèmes biologiques. Ce logiciel identifie à partir de données expérimentales provenant de microarrays, de PCR quantitative ou de séquençage, les relations entre les molécules, les mécanismes et fonctions et les réseaux d’intérêt. Il permet également de rechercher dans la littérature scientifique les découvertes les plus récentes et appropriées en relation avec les modèles expérimentaux utilisés ou les questions scientifiques posées.
Applications: Réalisation de réseaux de molécules, Recherche de fonctions moléculaires, cellulaires ou physiologiques, Recherche de maladies, Recherche de voies de transduction, Calcul d’enrichissement, Filtre la littérature scientifique.
Pour plus d’informations, visitez : http://www.ingenuity.com