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Analyse du méthylome par microarray et beadarray

image47Profilexpert propose des prestations d’analyse du méthylome par analyse microarray de régions méthylées immunoprécipitées à l’aide d’un anticorps anti methyl cytosine (MeDIP-chip) par la technologie Affymetrix ou Agilent  ou par analyse d’ADN bisulfité par la technologie beadchip 450K Illumina.

Applications :

Profiling du méthylome sur ilots CpG, methylation de promoteurs, de séquences répétées

Natures des échantillons :

ADN exraits de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang…), ADN extrait bisulfité, ADN issu de tissu FFPE, ADN immunoprécipité..


Services :

  • Extraction de l’ADN, Quantification et contrôle qualité,
  • Traitement bisulfite, Contrôle rendement de conversion
  • Vérification d’enrichissement par PCR (MeDIP-Chip)
  • Hybridation sur puces Beadarray Illumina : human Beachip 450 K après traitement bisulfite
  • Hybridation sur Affymetrix : Genechip  promoter, Genechip tiling après immunoprécipitation (MeDIP-chip)
  • Hybridation sur puces Agilent : Agilent Human CpG Island Microarray après immunoprécipitation (MeDIP-chip)
  • Espèces analysables : humain (illumina, agilent, affymetrix), souris

 

Nous avons besoin :
De 250 ng à 1 µg d’ADN génomique à la concentration minimale de 100 ng/ul eau. Pour des quantités plus faibles d’ADN totaux, nous contacter.

Livrables :

Un rapport comprenant : les contrôles qualité, les contrôle d’efficacité du traitement bisulfite, les ratio de cytosines méthylés et non méthylés,  les régions différentiellement méthylées, les données brutes (raw data) non normalisées et normalisées.

Support technologiques :

Beadchip 450K (Illumina) : http://products.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/datasheet_humanmethylation450.pdf

Tiling Affymetrix : http://media.affymetrix.com/support/technical/datasheets/human_tiling_datasheet.pdf

Agilent : http://www.chem.agilent.com/library/applications/5989-6838EN_FINAL_low.pdf

Publications associées : voir  méthylome