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Analyse du Transcriptome

image19Le transcriptome est l’ensemble des ARN (messagers, ribosomiques, de transfert et autres espèces d’ARN) issus de la transcription du génome. La transcriptomique regroupe un ensemble de techniques permettant une analyse quantitative relative des ARN (comparaison des transcriptomes entre différentes conditions expérimentales) et une analyse qualitative par la caractérisation de variant d’épissage, de polymorphismes, de gène fusion etc…La caractérisation et la quantification du transcriptome dans un tissu donné et dans des conditions données permettent d’identifier les gènes actifs, de déterminer les mécanismes de régulation d’expression des gènes et de définir les réseaux d’expression des gènes.

ProfileXpert propose des services d’analyse du transcriptome incluant :

  • la quantification des niveaux d’expression de chaque transcrits (transcriptome entier ou ARN spécifiques),
  • l’analyse de variants d’épissage,
  • la découverte de nouveaux variants,
  • la quantification et la caractérisation des ARN non codants
  • la détermination des jonctions d’épissage,
  • l’analyse de polymorphismes,
  • la découverte d’ARN fusion (transplicing),
  • l’analyse directionnelle du transcriptome.

Ces profils d’expression sont obtenus  à partir de tissus congelés ou FFPE, d’échantillons microdisséqués, ou issus de tri cellulaire par les technologies de :

  • Séquençage NGS à l’aide du HiSeq 2500, NextSeq 500 et  MiSeq (Illumina).
  • Microarrays et beadarrays à l’aide des plateformes beadarrays (Illumina) et des plateformes de microarrays (Affymetrix, Agilent).
  • qRTPCR en temps réel à l’aide des technologies Taqman  sur Applied Biosystem (Life technologies) ou SYBR Green sur  Applied Biosystem (Life technologies), Lightcycler 480 ou Lightcycler Caroussel (Roche).