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Analyse de Génotypage par microarrays et beadarrays

image36Profilexpert propose des prestations de Génotypage par microarrays et beadarrays à l’aide des technologies (Affymetrix, Agilent  et Illumina)

Applications  :
Analyse du polymorphismes, des variations du nombre de copies allèlique, perte d’hétérozygotie

Nature des échantillons :
ADN génomique provenant de cultures de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang, plasma, serum), ADN préamplifiés issus de capture laser ou de tri cellulaire, ADN issus de tissus FFPE….

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Services:

  • Aide au plan expérimental
  • Extraction des ADN, quantification et contrôles qualité des ADN
  • Amplification des ADN (optionnel)
  • Marquage des ADN, hybridation sur microarrays,
    • La technologie illumina : Infinium genotyping platform with Omni array family (humain) 
    • La technologie Affymetrix : Genechip SNP 6.0 array, Oncoscan chip (humain)
    • La technologie Agilent : CGH & CGH + SNP microarray 
  • Scanning, extractions des données brutes et normalisation des données.

 

 

Nous avons besoin : De 3-4 µg d’ADN génomique à la concentration minimale de 1 µg/µl eau. Pour des quantités plus faibles d’ADN totaux, (nous contacter)

Livrables : Les contrôles ADN, les contrôles de marquages, d’hybridation, les contrôles qualité des puces, les données brutes  et normalisées, liste des SNP identifiés sous format xls, listes des régions amplifiées ou perdues (CNV) sous format xls, comparaison entre échantillons, impact des SNP sur région codantes, analyse LOH, analyses statistiques

Activités associées :
Extraction d’ADN à partir de tissus complexes, comparaison par rapport à des  bases de données, corrélation avec les données de transcriptome et d’épigénome, pedigree…

Supports technologiques :
Technologie Illumina : http://res.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet_omni_whole-genome_arrays.pdf
Technologie Affymetrix  : http://media.affymetrix.com/support/technical/datasheets/genomewide_snp6_datasheet.pdf
Technologie Agilent : http://www.chem.agilent.com/Library/brochures/5990-6422en_lo.pdf

Publications associées : Voir Génotypage