ProfileXpert

Génome de novo (Gdenovo-seq)

image41Profilexpert propose des prestations de caractérisation et de reconstruction  de novo de génome (Gdenovo-seq) d’espèce modèle. La caractérisation et la reconstruction de génome nécessite le séquençage de plusieurs types de librairies  (paired-end, mate-paired) permettant de couvrir au maximum le génome étudié.

Applications : 

Reconstruction de génome modèle de novo (eucaryotes, procaryotes et virus)

Nature des échantillon

ADN génomique provenant de cellules (eucaryotes et procaryotes)

Services :

  • Aide au Plan expérimental,
  • Extraction , Quantification et Qualification des ADN,
  • Construction de librairies en paired-end et mate-paired (Nextera mate-paired Illumina),
  • Construction de contigs
  • Séquençage sur HiSeq2500, NextSeq 500 et /ou sur Miseq.

 

Nous avons besoin de 4 ug ADN génomique à une concentration de 500 ng/µl. Pour des quantités plus faible nous contacter

Livrables :

Un rapport comprenant : les différents contrôles qualité et paramètres de séquençage, les données primaires après démultiplexage,  liste des contigs et des scaffolds, etc…

Activités associées :

Finition des séquences par la technique de Sanger, intégration de contigs issus de bases de données…

Support technologique :

Technologie Illumina : http://res.illumina.com/documents/products/technotes/technote_nextera_matepair_data_processing.pdf

Publications associées : voir Génome