Profilexpert propose des prestations de quantification de transcrits (mRNA) par qRTPCR en temps réel (RNA-pcr) en révélation SYBR Green ou TaqMan par les technologies Light cycler (Roche) 1.5, LC480 (Roche) et Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystem).
Applications :
Quantifications des ARN (eucaryotes et procaryotes), validation de variants d’épissage, validation de voies moléculaires par l’analyse d’un panel de mRNA (panel custom ou commercial).
Natures des échantillons traités :
ARN totaux provenant de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang, lavages broncho-alvéolaires, liquide céphalo-rachidien, exosomes), ARN préamplifiés issus de microdissection laser ou tri cellulaire, tissus FFPE….
Services :
- Aide au plan expérimental
- Choix des oligonucléotides
- Dessin de plaques (96 ou 384 puits)
- Choix des gènes de référence pour la normalisation des données
- Préamplification des ARN (optionnel), synthèse des ADNc
- Choix de différentes sondes fluorescentes, Quantification absolue (standard externe non fourni) ou relative (normalisation par rapport à un gène de référence ou standart externe)
- Analyse des données (RQ manager1.2 ; DataAssist V1.0 (2) ; light cycler 4.1)
Nous avons besoin de 500 ng à 1 µg d’ARN totaux (DNA free) à une concentration de 50 ng/µl eau RNAse free. Pour des quantités plus faibles (<10ng) ou ARN dégradés, FFPE (nous contacter). Pour l’analyse des miRNA, utilisez un protocole d’extraction qui permet la co-purification des petits ARN (miRNA, ARNt, ARN5s) et des grands ARN (mRNA, ARN 18S, ARN 28S)
Livrables:
Un rapport comprenant : Les différents contrôles qualité incluant les courbes de fusion, les courbes d’efficacité, tableau de quantification relative normalisée /gène de référence avec correction de l’efficacité, ratio normalisé ou quantification absolue/standard externe.
Activités associées : Identification des gènes différentiellement exprimés, voies de signalisation….
Publications associées : voir transcriptome