Profilexpert propose des prestations d’analyse du génotype  par séquencage ou reséquençage  de génome complet (WGS), de séquençage ou réséquençage  d’exome complet  (humain et souris)  (WES) ou de séquençage ou reséquençage  d’amplicons (panel de gènes associés au cancer, aux cardiopathies ou panel custom)  ou gènes codant pour les ARN16S (procaryotes) sur séquenceur HiSeq 2500, NextSeq 500 ou MiSeq (Illumina).

Applications :

Caractérisation de polymorphismes/mutations, translocations, Inversions, InDel, gène fusion, perte d’hétérozygotie, variation du nombre de copies chromosomiques/allèliques…

Espèces : 

Toutes espèces dont le génome est connu (pour les génomes inconnus voir Génome de novo)

Nature des échantillons traités : 

ADN génomique provenant de culture de cellules (eucaryotes et procaryotes), tissus, biopsies, fluides (sang, serum, plasma), ADN préamplifiés issus de capture laser ou tri cellulaire, ADN issus de tissus FFPE…

Services :

• Aide au plan expérimental
• Extraction des ADN, Quantification et Purification des ADN, Qualité des ADN
• Enrichissement d’exome par hybridation, enrichissement custom (chromosome spécifique, régions spécifiques)
• Enrichissement par amplicons : panels thématiques, panels custom, gène ARN16S, technologie Haloplex (Agilent)
• Construction de librairies, Quantification et qualification des librairies
• Séquençage de génome complet (eucaryote et procaryote) en paired-end
• Séquençage d’exome après enrichissement (technologie Haloplex ou SureSelect Agilent et  Nextera exome Illumina) en single-read ou paired-end
• Séquençage d’amplicons  en single read ou paired-end
• Démultiplexage des données
• Alignement des séquences sur génome de référence
• Caractérisation des altérations

Nous avons besoin de 4 µg d’ADN à la concentration de 100ng/µL Pour des quantités plus faibles d’ADN ou ADN de tissus FFPE ou dégradés (nous contacter).

Livrables :

Un rapport comprenant : les différents contrôles qualité et paramètres de séquençage, les données primaires après démultiplexage,  identification des SNP, identification des variations de copies, identification des translocations et visualisation sur circos plot, gènes fusion…

Activités associées :

Extraction d’ADN à partir de milieux complexes, recherche de corrélations avec les données de transcriptome, recherche de corrélation avec les données d’épigénomique, comparaison à des données extraites de bases de données et de publications, filtration des données multicritère…

Supports technologiques : 

Technologie Haloplex (Agilent) : http://www.chem.agilent.com/Library/flyers/Public/HaloPlex_TF_6.01.12_HiRes.pdf

Technologie Sureselect (Agilent) : http://www.genomics.agilent.com/en/SureSelect-DNA-Target-Enrichment-Baits-/Human-All-Exon/?cid=AG-PT-124&tabId=AG-PR-1308

Technologie Nextera exome (Illumina) : http://res.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet_nextera_exome_enrichment.pdf

Publications associées : voir Génotypage