Profilexpert offre un service complet d’analyse en métagénomique par séquençage complet (Méta-seq ou séquençage shotgun) de l’ensemble des génomes présents dans un échantillon (ou transcriptome) par les technologies HiSeq 2500, NextSeq 500 et MiSeq.
Applications : Analyse de la composition en génome (virus, génome eucaryotes, bactéries, champignons, phage etc..) dans un milieu complexe (tissus biologiques, eau, sols, air, etc), phylogénie. Analyse du métagénome fonctionnel
Natures des échantillons : ADN/ARN extraits à partir d’organismes, tissus et fluides biologiques, air, sol, eau, préparations biologiques….
Services :
- Extraction de l’ADN/ARN à partir de milieu complexes (air, eau, sols, tissus biologiques)
- Quantification des ADN/ARN et contrôle qualité
- Construction des librairies génome complet à partir d’ADN simple brin, double brin et circulaire
- Construction des librairies ARN
- Séquençage en single-read ou paired-end
Nous avons besoin de 10 ug d’ADN génomique à la concentration minimale de 50ng/uL et de 1 µg d’ARN totaux. Pour des quantités plus faibles d’ADN ou d »ARN totaux, nous contacter.
Livrables : Un rapport comprenant : La qualité des ADN/ARN, la qualité des amplicons, les différents critères qualité liés au séquençage, les données primaires démultiplexées, les fichiers de données brutes sous format FastQ, les données normalisées, la liste des différents génomes détectés et leur proportion relative dans le milieu analysé.
Activités associées : Alignement des séquences sur bases de données de référence, reconstruction de génome pour lesquels aucun génome de référence n’est disponible, quantification relative des différents organismes présents dans le milieu
Publications associées : voir métagénome.