La métagénomique est un procédé méthodologique qui vise à étudier le contenu génétique d’un échantillon issu d’un environnement complexe (intestin, océan, sols, air, etc.) trouvé dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire). Le but de cette approche, est d’avoir non seulement une description des organismes contenu dans  l’échantillon mais aussi un aperçu du potentiel fonctionnel d’un environnement.

L’analyse métagénomique peut être réalisée 1) soit par séquençage des génomes complets présents dans le milieu à analyser (Shotgun) 2) soit  par séquençage de génome après réduction de compléxité (ex Rad-seq, Analyse de l’ARNr 16S bactérien) 3) soit  par PCR multiplex sur un panel de génomes pré-définis (bactéries impliquées dans les pathologies orales,….)

• Analyse ARN 16S :
  L’ARN ribosomique 16S (ou ARN ribosomal de 16S) est le constituant ARN de la petite sous-unité ribosomique de 30S des procaryotes (bactéries). Cet ARN présent dans toutes les bactéries présente des régions communes et des régions variables et hypervariables entre espèces. L’analyse par séquençage de ces parties variables permet d’apprécier la composition (qualitative et quantitative) en bactéries du milieu étudié.