Profilexpert propose des prestations d’analyse de miRNA par séquençage NGS (small RNA –seq) sur séquenceur Hiseq 2500, NextSeq 500 et Miseq (Illumina)

Applications :
Quantifications des miRNA (eucaryotes et procaryotes), caractérisation de polymorphismes, découverte de nouveaux miRNA, profiling à partir de microquantités d’ARN

Natures des échantillons traités :
ARN totaux provenant de cultures de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang, liquide céphalo-rachidien, serum, plasma, exosomes), miRNA préamplifiés issus de capture laser ou tri cellulaire, ARN issus de tissus FFPE…

Services :

• Aide au plan expérimental,
• Extraction des ARN (incluant les miRNA), Quantification des ARN, Contrôles qualités des ARN, Contrôle des miRNA (optionnel)
• Construction des librairies (small-RNA), Quantification et validation des librairies, Séquençage en single-read (50bp)
• Filtration des séquences (Q30)
• Démultiplexage des données

Nous avons besoin  1 ug d’ARN totaux à la concentration de 50ng/µl . Pour des quantités plus faibles d’ARN totaux (<10ng) ou ARN dégradés /FFPE (nous contacter). Pour l’analyse des miRNA, utiliser un protocole d’extraction qui permet la co-purification des petits ARN (miRNA, ARNt, ARNr 5S) et des grands ARN (ARNm, ARN18S, ARN28S)

Livrables:
Un rapport comprenant :  Les différents contrôles qualité et paramètres de séquençage, les données primaires avant et après démultiplexage, les fichiers de données brutes en format FastQ.

Activités d’analyses associées :
Alignement des séquences sur génome de référence, Comptage de tag, Identification des miRNA différentiellement exprimés, analyses statistiques et corrélations  (ACP, arbres hiérarchiques), classement des données multicritères, recherche des ARNm cibles, comparaison à des données extraites de la littérature (bases de données), polymorphismes…

Publications associées : voir MirNome