Profilexpert propose des prestations d’analyse du méthylome par Séquençage Génome entier après traitement bisulfite (BS-seq) ou par analyse sur génome à compléxité réduite par Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) ou analyse de régions enrichies par immunoprécipitations à l’aide d’un anticorps and methylcytosine (MeDIP-seq) ou enrichissement par hybridation de régions spécifiques  (Methyl-seq) :

Applications :
Profiling du méthylome sur ilots CpG, methylation de promoteurs, de séquences répétées.

Nature des échantillons traités :
ADN extraits de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang…), ADN issu de tissu FFPE, ADN immunoprécipités, ADN
bisulfité.

Services:

• Extraction de l’ADN, Quantification et contrôle qualité,
• Traitement bisulfite,
• Vérification de l’efficacité du traitement bisulfite
• Vérification d’enrichissement par PCR (pour les approches MeDIP-seq, Methyl-Seq)
• Construction de librairies à partir de génome complet BS-Seq :
  • Construction des librairies  MeDIP-seq.
  • Construction des librairies RRBS.
     Cette technologie permet d’analyser le taux de méthylation de CpG après fragmentation de l’ADN par l’enzyme MspI
• Construction des librairies  Methyl-seq :
  • Séquençage de régions riches en CpG après enrichissement par hybridation à l’aide de sondes (kit Methyl-seq).

Nous avons besoin : De 5 µg d’ADN génomique à la concentration minimale de 50ng/ul eau. Pour des quantités plus faibles d’ADN totaux, nous contacter.

Livrables :
Un rapport comprenant : les contrôles qualité, less contrôle d’efficacité du traitement bisulfite, les ratio de cytosime méthylés et non méthylés,  les régions différentiellement methylées, les données brutes (raw data) non normalisées et normalisées.

Supports technologiques : 

RRBS : http://res.illumina.com/documents/products/research_reviews/sequencing-methods-review.pdf

Methyl-seq : https://genome.med.harvard.edu/documents/illumina/sureselect_xt_human_methyl_seq_datasheet_10012012.pdf

MeDIP-seq : http://res.illumina.com/documents/products/research_reviews/sequencing-methods-review.pdf

BS-seq : http://res.illumina.com/documents/products/research_reviews/sequencing-methods-review.pdf

Publications associées : voir méthylome.