Profilexpert propose des prestations pour la caractérisation de site d’insertion de génome étranger (virus, transposon,..) dans un génome hôte par NGS ( Tn-seq, INS-seq,…) sur HiSeq 2500, NextSeq 500 et MiSeq (Illumina) et sur MiNION (Oxford Nanopore).

Applications : 

Caractérisation de site d’insertion de génome étranger dans le génome hôte (eucaryote ou procaryote) dans le cadre d’analyse de fitness, recherche de gène candidat dans des contexte d’analyse de corrélation gène/phénotype.

Nature des échantillons traités :

ADN génomique issus de culture de cellules, de tissus, ADN préamplifié.

Services :

• Aide au plan expérimental
• Extraction et qualification des ADN
• Enrichissement custom des régions d’intérêt  (sites d’insertion), aide au dessin des couples d’amorces
• Construction des librairies, quantification et validation, séquençage en single read ou paired-end
• Démultiplexage des données
• Alignement des séquences sur génome de référence

 

Nous avons besoin  de 1 µg d’ADN génomique à une concentration de 100 ng/µl eau. Pour des quantités plus faible nous contacter

Livrables : 

Un rapport comprenant : les différents contrôles qualité et paramètres de séquençage, les données primaires avec le démultiplexage, les données brutes sous format FastQ, les séquences de sites d’insertion

Activités associées :

Caractérisation des gènes ou les réseaux de gènes  impliqués dans le phénotype observé, corrélation avec les données de transcriptome, comparaison avec des données issues de la littérature (bases de données) ….

Publications associées : voir Génome