Profilexpert propose des prestations de caractérisation et de reconstruction  de novo de génome (Gdenovo-seq) d’espèce modèle. La caractérisation et la reconstruction de génome nécessite le séquençage de fragment courts (Illumina) et de longs fragments (Oxford Nanopore) et permettant de couvrir au maximum le génome étudié.

Applications : 

Reconstruction de génome modèle de novo (eucaryotes, procaryotes et virus)

Nature des échantillon

ADN génomique provenant de cellules (eucaryotes et procaryotes)

Services :

• Aide au Plan expérimental,
• Extraction , Quantification et Qualification des ADN,
• Construction de librairies en paired-end et mate-paired (Nextera mate-paired Illumina),
• Construction de contigs
• Séquençage sur HiSeq2500, NextSeq 500 et /ou sur Miseq ou sur MiNION.

 

Nous avons besoin de 4 ug ADN génomique à une concentration de 500 ng/µl. Pour des quantités plus faible nous contacter

Livrables :

Un rapport comprenant : les différents contrôles qualité et paramètres de séquençage, les données primaires après démultiplexage,  Reconstruction par méthode hybride, liste des contigs et des scaffolds, etc…

Activités associées :

Finition des séquences par la technique de Sanger, intégration de contigs issus de bases de données…

Support technologique :

Technologie Illumina : http://res.illumina.com/documents/products/technotes/technote_nextera_matepair_data_processing.pdf

Publications associées : voir Génome