ProfileXpert propose des prestations d’analyse de miRNA (ciblé ou pangénomique) par qRTPCR (small RNA-pcr) sur la plateforme Applied Biosystems 7900 HT Fast Real-Time PCR  (technologie Taqman ou SYBR Green) ou light cycler (Roche).

Applications :
Détection et quantification des miRNA (eucaryotes et procaryotes), analyse de petits panel de miRNA ou de miRnome entier (plaques Taqman Low Density Array A et B, TLDA), validation de données de séquençage (small-RNA seq) ou microarrays (small-RNA chip).

Nature des échantillons :
ARN totaux provenant de cultures de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang, lavages broncho-alvéolaires, liquide céphalo-rachidien, serum, plasma, exosomes), ARN préamplifiés issus de microdissection laser ou tri cellulaire, tissus FFPE…

Services :

• Aide au design expérimental,
• Design des amorces spécifiques, choix des ARN de référence pour la normalisation des données
• Design de plaques 96 ou 384 puits
• Extraction des ARN, quantification des ARN, contrôles qualités des ARN
• Préamplification des miRNA (optionnelle),
• Analyse par amplification PCR sur plaques Taqman Low Density Array (TLDA, Applied biosystem), analyse par PCR sur Light cycler (Roche)
• Extraction des signaux, normalisation des données à l’aide d’ARN de référence

Nous avons besoin de (10 à 500 ng) d’ARN totaux à une concentration d’au moins 50 ng/µl.  Pour des quantités plus faibles (<10 ng) ou d’ARN dégradés, FFPE (nous contacter). Pour l’analyse des miRNA, utilisez un protocole d’extraction qui permet la co-purification des petits ARN (miRNA, ARNt, ARN 5S) et des grands RNA (mRNA, ARNr)

Livrables :

Un rapport comprenant :
les différents contrôles incluant la qualité  des ARN, des cDNA après reverse transcription, le pourcentage de miRNA détectés, variation intra-groupe et inter-groupe à l’aide de spike-in, la distribution des signaux sous format scatter plots, les données brutes et les données normalisées sous format xls.

Activités associées :
Identification des miRNA différentiellement exprimés, analyses statistiques (ACP, arbres hiérarchiques), classement des données, recherche d’ARNm cibles, voies de signalisation, comparaison à des données extraites de la littérature (bases de données).

Supports technologiques : 

Technologie TLDA : https://tools.lifetechnologies.com/content/sfs/brochures/cms_054742.pdf

Publications associées : voir miRnome