Pour les applications de séquençage NGS, ProfileXpert est équipée des séquenceurs haut débit Hiseq 2500/Illumina, NextSeq 500/Illumina et du MiSeq/Illumina.
Hiseq 2500 / Illumina
Utilisation : Séquençage haut débit
Date d’installation : juin 2011
Principe : Le système de séquençage Hiseq2000 permet le séquençage en simultané de plusieurs millions de fragments d’ADN. La technologie utilisée repose sur une amplification (cbot) en ponts des fragments d’ADN sur support solide (flow cell) suivi d’un séquençage par synthèse chimique (SBS) des colonies d’ADN préalablement amplifiés. Il existe 2 supports (8 lignes ou 2 lignes). Chaque ligne génère 200 millions de lectures en mode simple lecture (Single read ou SR) ou 400 millions en mode double- lecture (paired-end ou PE). La taille des séquences proposées est de 50 SR, 50 PE, 100 SR, 100 PE, 150 SR ou 150 PE
Applications : Séquençage de génomes nouveaux, reséquençage de génomes, analyse de la régulation des gènes, analyse du transcriptome (RNA–seq), caractérisation de polymorphismes, étude de variation du nombre de copies, analyses cytogénétiques, interactions protéine/ADN (chIP-seq), analyse du méthylome par MeDIP-seq ou séquençage de génomes bisulfités, identification de petits ARN non codants.
Pour plus d’informations : visitez www.illumina.com
MiSeq / Illumina
Utilisation : Séquençage haut débit
Date d’installation : septembre 2012
Principe : Le système de séquençage MiSeq permet le séquençage en simultané de plusieurs millions de fragments d’ADN. La technologie utilisée repose sur une amplification en ponts des fragments d’ADN sur support solide (flow cell) suivi d’un séquençage par synthèse chimique (SBS) des colonies d’ADN préalablement amplifiés. Il existe 2 supports de 1 ligne générant 15 millions de lecture en singne read (30 millions de lectures en paired-end) en version V2 ou 25 millions de reads (50 millions de lectures en paired-end) en version V3. La taille de séquences générés peut aller de 50 SR , 50 PE, 100 SR, 100 PE, 150 SR, 150 PE, 250 SR ou 250 PE.
Applications : Séquençage ou reséquençage de petits génomes et d’amplicons.
Pour plus d’informations : visitez www.illumina.com
NextSeq 500 / Illumina
Utilisation : Séquençage haut débit
Date d’installation : septembre 2014
Principe : Le système de séquençage NextSeq 500 permet le séquençage en simultané de plusieurs millions de fragments d’ADN. La technologie utilisée repose sur une amplification (cbot) en ponts des fragments d’ADN sur support solide (flow cell) suivi d’un séquençage par synthèse chimique (SBS) des colonies d’ADN préalablement amplifiés. Il existe 2 supports (1 lignes de 400 millions de lecture simple ou 1 ligne de 130 millions de lecture simple). La taille des séquences proposées est de 1×75, 2×75, 2x 150.
Applications : Séquençage de génomes nouveaux, reséquençage de génomes, analyse de la régulation des gènes, analyse du transcriptome (RNA–seq), caractérisation de polymorphismes, étude de variation du nombre de copies, analyses cytogénétiques, interactions protéine/ADN (chIP-seq), analyse du méthylome par MeDIP-seq ou séquençage de génomes bisulfités, identification de petits ARN non codants.
Pour plus d’informations : visitez www.illumina.com