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Analyse du transcriptome par microarray ou beadarray (RNA-chip)

image21ProfileXpert propose des prestations d’analyse du transcriptome par microarray ou beadarray (RNA-chip) sur plateformes Affymetrix, Agilent ou Illumina ou à partir de puces custom.

Applications :

Quantifications des ARN (eucaryotes et procaryotes), analyse de variants d’épissage (puces exons), découverte de nouveaux ARN  (puces tiling)

Nature des échantillons traités :

ARN totaux provenant de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang, lavages broncho-alvéolaires, liquide céphalo-rachidien…), ARN préamplifiés issus de microdissection laser ou tri cellulaire, ARN issus de tissus FFPE…

Services :

  • Aide au design expérimental
  • Extraction des ARN, Quantification des ARN, Contrôles qualités des ARN
  • Amplification et Marquage des ARN, hybridation des arrays, scanning, extraction de signaux, normalisation des données

Nous avons besoin de 500 ng à 1 µg d’ARN totaux (DNA free) à une concentration de 50ng/µl eau RNAse-free. Pour des petites quantités  d’ARN totaux (< 10 ng) ou ARN dégradés /FFPE (nous contacter)Pour l’analyse des miRNA, utilisez un protocole d’extraction qui permet la co-purification des petits ARN (miRNA, ARNt, ARNr 5,8S ) et des grands ARN (ARNm, ARNr 18S, ARNr 28S)

Livrables :
Un rapport comprenant :  Les différents contrôles incluant la qualité des ARN, des cDNA/cRNA marqués (quantités et tailles), la  qualité des puces (visuel), le pourcentage de gènes détectés, la variabilité intra et intergroupes à l’aide de spike-in, la distribution des signaux sous forme de scatter plots, les données brutes et les normalisées en format .xls.

Activités associées :
Identification des gènes différentiellement exprimés, analyses statistiques et corrélations  (ACP, arbres hiérarchiques), classement des données multicritères, comparaison par rapport à des bases de données, voies de signalisation…. 

Publications associées : voir transcriptome