ProfileXpert

Analyse de miRNA par microarray (small RNA-chip)

image25ProfileXpert propose des prestations d’analyse du miRNome par la technologie de microarray (small RNA-chip) sur les plateforme Affymetrix et Agilent.

Applications :
Détection et Quantifications des miRNA (eucaryotes et procaryotes)

Nature des échantillons traités :
ARN totaux provenant de cultures de cellules, tissus, biopsies, fluides (sang, lavages broncho-alvéolaires, liquide céphalo-rachidien, serum, plasma, exosomes), miRNA préamplifiés issus de microdissection laser de tri cellulaire, ARN issus de tissus FFPE…

Services :

  • Aide au design expérimental,
  • Extraction des ARN, Quantification des ARN, Contrôles qualités des ARN
  • Amplification et marquage des miRNA,
  • Hybridation sur  GeneChip miRNA 4.0 array (Affymetrix) ou miRNA microarray (Agilent),
  • Scanning, Extraction de signaux, Normalisation des données.

Nous avons besoin de 200 ng d’ARN totaux à une concentration d’au moins 50ng/ul eau. Pour des quantités plus faibles (<10ng) ou ARN dégradés ou FFPE (nous contacter).

Livrables :
Un rapport comprenant :  Les différents contrôles incluant la qualité des ARN, de leur marquage, la qualité des puces (visuel), le pourcentage de miRNA détectés, la variabilité intra et intergroupe évalués par des spike-in, la distribution des signaux sous forme de scatter plots, les données brutes et les données normalisées sous format xls.

Activités associées :
Identification des miRNA différentiellement exprimés, analyses statistiques et corrélation  (ACP, arbres hiérarchiques), classement des données multicritères, recherche d’ARNm cibles, voies de signalisation, comparaison à des données extraites de la littérature (bases de données)…

Supports technologiques :

Technologie Affymetrix : http://media.affymetrix.com/support/technical/datasheets/miRNA_4-0_and_4-1_datasheet.pdf

Technologie Agilent : http://www.chem.agilent.com/library/brochures/Tech%20Overview%205989-7688EN.pdf

 

Publications associées : voir miRnome.